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Cadet d'une famille de cinq enfants, Juninho grandit dans l'état du Pernambuco, situé dans une des régions les plus pauvres du Brésil, le Nordeste. Natif de la ville de Recife, il s'exerce d'abord au Futsal (football en salle), très populaire au Brésil, avant de faire ses débuts dans le club local Sport de Recife où il remporte le championnat régional.
Vasco de Gama le sort de l'anonymat du Pernambuco en le recrutant en 1995. Ce club basé à Rio de Janeiro offre une médiatisation incomparable à ce travailleur qui, à défaut d'être un jeune prodige, franchit tranquillement les paliers qui mènent au très haut niveau. En 110 rencontres, Juninho plante 24 buts et remporte de nombreux titres dont la prestigieuse Copa Libertadores, équivalent sud-américain de la Ligue des Champions.
En 2001, Lyon est à la recherche d'un milieu offensif de toute urgence. Sur les conseils de leur émissaire brésilien, Marcello ancien défenseur de l'OL, Bernard Lacombe décide d'enrôler le Brésilien qui vient de rompre son contrat avec Vasco. Le Monsieur recrutement du club ne connaît le joueur que sur cassette, mais il ne coûte rien et les coups francs sélectionnés par Marcello font leur effet sur le staff lyonnais. Le joueur donne donc son accord et repousse une offre tardive du FC Barcelone.
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